Neisseria gonorrhoeae adalah diplococcus Gram-negatif berbentuk seperti kacang merah dengan diameter 0,6–1 μm. Bakteri ini merupakan bakteri aerob yang membutuhkan kelembapan dan CO2 untuk tumbuh. Pertumbuhan optimal terjadi pada suhu 34º–36ºC dan kisaran pH 7,2–7,6. Terapi sebelumnya dengan penisilin atau analog sintetisnya dapat mengubah morfologi bakteri yang khas dan kemampuan pewarnaan secara signifikan, sehingga terkadang mengaburkan diagnosis dari apusan pewarnaan Gram. Penghambatan sintesis dinding sel oleh penisilin menyebabkan organisme kehilangan bentuk khasnya yang seperti kacang merah serta kemampuannya untuk mewarnai Gram-negatif.
Organisme ini merupakan patogen untuk epitel kolumnar dan transisional. Infeksi tampaknya sebagian merupakan fungsi dari keberadaan struktur seperti rambut, pili, yang mungkin penting untuk perlekatan awal gonokokus ke sel-sel epitel J. Lima bentuk koloni yang berbeda telah diidentifikasi: isolat segar menunjukkan bentuk koloni T1 dan T2 yang dicirikan oleh keberadaan pili dan virulensi pada inokulasi eksperimental ke dalam uretra simpanse jantan. Subkultur berulang dari isolat ini menghasilkan bentuk koloni T3, T4, dan T5, yang tidak memiliki pili dan kurang virulen.
Penentu penyakit sulit dibedakan. Infeksi sebelumnya tidak memberikan kekebalan baik secara sistemik maupun di portal infeksi. Meskipun relawan dengan antibodi yang beredar lebih resistan terhadap infeksi eksperimental daripada yang tidak, kekebalan humoral itu sendiri bukanlah faktor penting dalam menentukan tingkat serangan. Penyakit dapat kambuh dengan adanya antibodi tertentu. Virulensi N. gonorrhoeae dapat bervariasi. Beberapa pria tidak tertular penyakit tersebut dan yang lainnya tertular ketika terpapar pada pembawa wanita asimtomatik yang sama. Dua faktor yang memungkinkan infeksi menjadi penyakit adalah: (1) terlarutnya penghalang anatomis dan fisiologis yang dibentuk oleh mukosa endoserviks; dan (2) perubahan pH yang nyata yang disebabkan oleh darah menstruasi. Waktu timbulnya salpingitis akut akibat N. gonorrhoeae sedemikian rupa sehingga sering terjadi pada atau segera setelah menstruasi. Pada wanita hamil, jarangnya gonokokus menimbulkan penyakit nyata di endometrium dan tuba fallopi setelah delapan minggu pertama kehamilan menunjukkan kemanjuran penghalang endoserviks terhadap infeksi yang meningkat.
Salpingitis akut Penyakit gonokokus yang melibatkan saluran genital wanita ditandai dengan: (1) penetrasi mukosa glandular; dan (2) penyebaran limfatik submukosa dan penyebaran permukaan yang berdekatan. Setelah infeksi terjadi di dalam rongga endometrium, gonokokus mengambil jalur yang paling sedikit resistensinya. Keterlibatan saluran genital wanita merupakan salah satu infeksi berurutan akibat replikasi dan penyebaran bakteri yang berdekatan sepanjang permukaan epitel dan penyebaran limfatik submukosa. Hal ini sangat kontras dengan mekanisme infeksi bakteri seperti streptokokus grup A yang, setelah menembus epitel kelenjar, menempuh rute transorgan sehingga melibatkan endometrium, miometrium, dan kemudian jaringan lunak yang berdekatan atau serosa peritoneum secara berurutan.
Peritonitis sekunder akibat N. gonorrhoeae terutama merupakan konsekuensi dari tumpahan organisme dan eksudat inflamasi dari ujung tuba fallopi yang berfimbria ke dalam rongga peritoneum, dan bukan infeksi transmural. Meskipun permukaan kapsul ovarium mungkin terlibat secara superfisial pada salpingitis gonokokal akut, permukaan tersebut resistan terhadap penetrasi organisme. Setelah mencapai rongga perut, gonokokus dapat menyebar lagi di sepanjang permukaan bebas dan naik ke saluran paravertebral untuk menyebabkan perihepatitis yang dikenal sebagai sindrom Stajano-Curtis-Fitz-Hugh (lihat Perihepatitis gonokokus). Saat ini, gonore merupakan infeksi kedua yang paling umum dilaporkan di Amerika Serikat. Lebih dari satu setengah juta kasus baru berkembang setiap tahunnya.
Selain itu, diperkirakan lebih dari enam puluh juta kasus baru berkembang setiap tahunnya di dunia. Ketidakmampuan relatif untuk memberantas penyakit ini sebagian disebabkan oleh fakta bahwa wanita dengan gonore yang tidak bergejala menyediakan reservoir infeksi yang besar yang mengabadikan organisme tersebut dalam populasi. Menjadi jelas bahwa pengendalian penyakit yang signifikan hanya dapat terjadi jika kultur serviks dan anorektal rutin menjadi bagian standar dari perawatan kesehatan wanita yang komprehensif.
Aspek klinis Umumnya, pada pria, gejala awal akibat infeksi gonokokus muncul 3–5 hari setelah paparan seksual. Pada wanita, periode antara kolonisasi dan penyakit sangat bervariasi sehingga tidak memungkinkan perkiraan yang berarti. Area genital yang rentan yang telah terpapar adalah uretra, kelenjar parauretra, dan serviks. Ketika dua area pertama terlibat, gejala yang ditimbulkan mungkin sangat minimal sehingga pasien tidak menyadarinya. Gejala tersebut meliputi sering buang air kecil dan sedikit rasa terbakar saat buang air kecil.